شناسایی مارکرهای ژنتیکی و پروتئینی سالمونلا انتریکا سرووار تیفی موریوم با استفاده از آنالیزهای بیوانفورماتیکی با رویکرد تشخیص و درمان

زمینه و اهداف: سالمونلا انتریکا سرووار تیفی موریوم یکی از علل شایع مسمومیت‌های غذایی در انسان می‌باشد. با توجه به این‌که انتخاب مارکرهای مناسب یکی از چالش‌های اصلی روش‌های تشخیصی ارائه‌شده برای این پاتوژن می‌باشد، در مطالعه حاضر، با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی، مارکرهای ژنتیکی این سرووار به‌عنوان اهداف تشخیصی مناسب غربال گردید. در فاز دوم کار، ساختار و عملکرد پروتئین‌های کد شده به‌وسیله این مارکرها تعیین شد. مواد و روش کار: این مطالعه در سال ۹۶-۱۳۹۵ اجرا گردید. به‌منظور یافتن مارکرهای ژنی سالمونلا تیفی موریوم، ۴۵ ژنوم کامل سرووار سالمونلا تیفی موریوم و سایر جنس‌های خانواده انتروباکتریاسه با استفاده از نرم‌افزار Mauve مورد مقایسه قرار گرفتند. به‌منظور تعیین ساختار و عملکرد پروتئین‌های مربوط به این توالی‌ها به ترتیب از نرم‌افزارهای I-TASSER و Phyre۲ برای مدل‌سازی ساختاری و از پایگاه‌ها و نرم‌افزارهای CDD، InterProScan، DALI و ProFunc برای تعیین عملکرد استفاده شد. یافته‌ها: نواحی خاصی از ژن‌های STM۴۴۹۱-STM۴۴۹۶ به‌عنوان مارکرهای اختصاصی سالمونلا تیفی موریوم تعیین شدند. عملکرد پروتئین‌های مربوط به این ژن‌ها در ۵ گروه شامل Lon پروتئازها، پروتئین‌های متصل شونده به نوکلئوتید، NTPase ها، پروتئین‌های درگیر در مسیر ترمیم DNA و DNA متیلازها پیش‌بینی شد. نتیجه‌گیری: نواحی اختصاصی از ژن‌های STM۴۴۹۱-STM۴۴۹۶ می‌توانند به‌عنوان اهداف تشخیصی کارآمد برای شناسایی سرووار بیماری‌زای سالمونلا تیفی موریوم مورداستفاده قرار گیرند. علاوه بر این، پروتئین‌های کد شده به‌وسیله این مارکرها می‌توانند به‌عنوان اهدافی مناسب در طراحی عوامل درمانی جدید در پیشگیری و درمان عفونت‌های ناشی از این پاتوژن پیشنهاد شوند.